Potencial de Lennard-Jones

Potencial de Lennard-Jones para dímero de argônio

Um par de átomos neutros ou moléculas é sujeito a duas forças distintas no limite de maior e menor separação: uma força atrativa a grande distância (forças de London - forças de van der Waals) e uma força repulsiva em menores distâncias (o resultado de sobreposição de orbitais de elétrons, relacionados à força de troca do princípio de exclusão de Pauli). O potencial de Lennard-Jones (também referido como potencial L-J, potencial 6-12 ou, menos comumente, potencial 12-6) é um modelo matemático simples que representa este comportamento. Foi proposto em 1924 por John Lennard-Jones.[1]

Descrição

O potencial L-J tem a forma

V ( r ) = 4 ϵ [ ( σ r ) 12 ( σ r ) 6 ] {\displaystyle V(r)=4\epsilon \left[\left({\frac {\sigma }{r}}\right)^{12}-\left({\frac {\sigma }{r}}\right)^{6}\right]}

onde ϵ {\displaystyle \,\epsilon } é o poço de potencial e σ {\displaystyle \,\sigma } é a distância (finita) na qual o potencial interpartícula é zero.

Estes parâmetros podem ser ajustados para reproduzir dados experimentais ou podem ser deduzidos de resultados muito precisos de cálculos de física ou química quântica. O termo

( 1 r ) 12 {\displaystyle \left({\frac {1}{r}}\right)^{12}} descreve a repulsão e o termo ( 1 r ) 6 {\displaystyle \left({\frac {1}{r}}\right)^{6}} descreve a atração.

A função que descreve a força a que estão sujeitas as partículas é o negativo do gradiente do potencial acima descrito:

F ( r ) = V ( r ) = d d r V ( r ) r ^ = 4 ϵ ( 12 σ 12 r 13 6 σ 6 r 7 ) r ^ {\displaystyle \mathbf {F} (r)=-\nabla V(r)=-{\frac {d}{dr}}V(r){\hat {\mathbf {r} }}=4\epsilon \left(12\,{\frac {{\sigma }^{12}}{{r}^{13}}}-6\,{\frac {{\sigma }^{6}}{{r}^{7}}}\right){\hat {\mathbf {r} }}}

O potencial de Lennard-Jones é uma aproximação. A forma do termo que descreve a repulsão não tem nenhuma justificação teórica; a força repulsiva deve depender exponencialmente da distância, mas o termo da fórmula de L-J é mais conveniente devido à facilidade e eficiência de calcular r12 como o quadrado de r6. Sua origem física está relacionada ao princípio de exclusão de Pauli: quando duas nuvens eletrônicas circulando os átomos iniciam a se sobrepôr, a energia do sistema aumenta abruptamente[2]. O exponente 12 foi eleito exclusivamente por sua facilidade de cálculo.

Formas alternativas

A função do potencial de Lennard-Jones comumente se escreve da seguinte forma:

V ( r ) = ϵ [ ( r m i n r ) 12 2 ( r m i n r ) 6 ] {\displaystyle V(r)=\epsilon \left[\left({\frac {r_{min}}{r}}\right)^{12}-2\left({\frac {r_{min}}{r}}\right)^{6}\right]}

onde

r m i n {\displaystyle \,r_{min}} = 2 1 / 6 σ {\displaystyle \,2^{1/6}\sigma } é a distância na qual o potencial se encontra em um mínimo.

A formulação mais precisa, usada comumente por software de simulação, é:

V ( r ) = A r 12 B r 6 {\displaystyle V(r)={\frac {A}{r^{12}}}-{\frac {B}{r^{6}}}}

onde

A = 4 ϵ σ 12 {\displaystyle \,A=4\epsilon \sigma ^{12}}

B = 4 ϵ σ 6 {\displaystyle \,B=4\epsilon \sigma ^{6}}

σ = ( A B ) 1 6 {\displaystyle \sigma =\left({\frac {A}{B}}\right)^{\frac {1}{6}}}

e

ϵ = B 2 4 A {\displaystyle \epsilon ={\frac {B^{2}}{4A}}} .

Potencial truncado

Em geral, para poupar tempo computacional, o potencial de Lennard-Jones é truncado na distância limite de r c = 2.5 σ {\displaystyle \displaystyle r_{c}=2.5\sigma } donde

V ( r c ) = V ( 2.5 σ ) = 4 ϵ [ ( σ 2.5 σ ) 12 ( σ 2.5 σ ) 6 ] = 0.0163 ϵ = 1 61.3 ϵ {\displaystyle \displaystyle V(r_{c})=V(2.5\sigma )=4\epsilon \left[\left({\frac {\sigma }{2.5\sigma }}\right)^{12}-\left({\frac {\sigma }{2.5\sigma }}\right)^{6}\right]=-0.0163\epsilon =-{\frac {1}{61.3}}\epsilon }

(1)

i.e., em r c = 2.5 σ {\displaystyle \displaystyle r_{c}=2.5\sigma } , o potencial LJ V {\displaystyle \displaystyle V} é aproximadamente 1/60 de seu valor mínimo ϵ {\displaystyle \displaystyle \epsilon } (profundidade do potencial). Depois de r c {\displaystyle \displaystyle r_{c}} , se assinala o valor 0 ao potencial computacional.

Por outro lado, para evitar uma descontinuidade em r c {\displaystyle \displaystyle r_{c}} , como se mostra na equação 1, o potencial de LJ é desprezado ligeiramente até acima, de tal forma que o potencial computacional seja 0 exatamente na distância limite r c {\displaystyle \displaystyle r_{c}} .

Referências

  1. Lennard-Jones, J. E. Cohesion. Proceedings of the Physical Society 1931, 43, 461-482.
  2. Krumrine, J.; Raubacher, F.; Brooijmans, N.; Kuntz, I. (2003). «Principles and Methods of Docking and Ligand Design». In: Bourne, Philip E.; Weissig, Helge. Structural Bioinfoirmatics. Hoboken, New Jersey: Wiley-Liss. p. 461. ISBN 0-471-20200-2  !CS1 manut: Nomes múltiplos: lista de autores (link)