La saison 1998 du Championnat d'Estonie de football était la 8e édition de la première division estonienne à poule unique, la Meistriliiga. Les 8 clubs jouent les uns contre les autres au sein d'une poule unique où chaque adversaire rencontre les autres équipes 2 fois, à domicile et à l'extérieur.
Cette saison sert de transition entre le championnat au rythme "méridional" (d'août à juin) et celui au rythme "nordique" (d'avril à octobre). Il est disputé à partir de la mi- et se termine à la fin de l'automne, pour permettre au championnat suivant de démarrer au printemps.
C'est le FC Flora Tallinn qui conserve son titre après avoir terminé en tête du championnat. C'est le 4e titre de champion d'Estonie de son histoire.
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Barrage de promotion-relégation
Afin de déterminer le 8e club participant à la Meistriliiga la saison prochaine, le 7e de D1 affronte le 2e de D2 dans un barrage avec matchs aller et retour. C'est le JK Eesti Põlevkivi Jõhvi qui va jouer sa place parmi l'élite face au KSK Vigri Tallinn, pensionnaire de deuxième division.